Die wichtigsten Organe der Stiftung St. Johannes-Hospital Neheim sind das Kuratorium und das Direktorium. Das Kuratorium ist uneingeschränkt für die Gesamtverwaltung des Hauses verantwortlich und dessen oberstes Kontroll- und Beschlussorgan. Es besteht neben dem Pfarrer der Kirchengemeinde St. Johannes Baptist Neheim, als geborenes Mitglied und stellvertretenden Vorsitzenden des Kuratoriums, aus vier bis sechs weiteren Bürgerinnen und Bürgern mit entsprechender persönlicher und fachlicher Kompetenz. Die Mitglieder und der Vorsitzende werden vom amtierenden Kuratorium für die Dauer von fünf Jahren gewählt.
Das Kuratorium setzt sich zurzeit wie folgt zusammen:
| Vorsitzender: | Dipl.-Ing. Hubert Cloer |